当初の政党名は日本（にっぽん）、略称は新党日本であったが、総務省より「略称の方が長いのはおかしい」と注意を受けたため、2005年8月27日に政党名を新党日本、略称を日本にそれぞれ変更した。かつて存在した日本新党（1992年に細川護熙によって結党された政党）は、名称こそ類似しているものの全く関係ない。
特定の支持組織や関連団体等はなく、2010年現在は支持層は党代表の田中個人に対する支持者が中心となっている。党員を一般募集してはいないが、党友的立場である「サポーター」及び関連団体「チーム・ニッポン」の会員は募集している。同時期に結党された国民新党とは亀井静香や下地幹郎など田中と親交の深い議員も多く、一時関係が冷え込んだ時期もあったものの現在は統一会派を組むなど友好関係にある。なお党のヘッド オフィスは東京都千代田区平河町に置き、田中代表の選挙区である兵庫県尼崎市には「新党日本 尼崎支部」を置いている。
一時期は民主党と統一会派を組んでいたが、この時期も民主党が提出もしくは賛成した法案に反対や棄権の立場を取ることもあるなど独自路線を貫いていた。2009年以降は民主党と連立合意は行っておらず、また閣僚を出していないため厳密な意味での与党ではないが、与党会派には所属しているという状況となっている。
政党助成法の政党要件を2007年の参院選で満たしているため、国会議員がいる限り2013年までは政党助成金が受け取れる。

初代代表（党首）には田中が就任するが、総選挙には出馬せず長野県知事のまま代表を務めることになる。しかし、当初は国会議員4人しかいなかったため、国会議員5人以上必要とする公職選挙法の政党の要件を満たせず、政治団体としての発足であった。その後、この時点において友好関係にあると見られていた国民新党側の配慮によって参議院議員・長谷川憲正の同党からの移籍を受け入れ（同年9月12日に国民新党へ復党）て、8月23日に公職選挙法の政党要件である国会議員5人以上の要件を満たす事となった。
このことからマスメディアからは「選挙互助会」と批判されたが、田中は8月27日付の『毎日新聞』朝刊で「靖国神社参拝や国家観で隔たりのある自民党と公明党」の連立や、「さまざまな考えの方が政権を獲得するという一点で集まっている民主党」も「選挙互助会」だと反論した。
この背景には、政党とその他の政治団体（無所属含む）では、公職選挙法に認められた選挙運動の範囲にポスター枚数、政見放送や重複立候補の有無など、大きな差がある実情がある。新党日本結成の背景に、政党にしないと選挙運動の制限が厳しくなり、極めて不利になるという理由が大きな要素を占めていた。ただ新党日本は8月17日にほぼ同じ目的で結成された国民新党と異なり、都市型政党を目指していた。
また、急に政党が結成されたため、群馬県選挙管理委員会の2005年衆院選の選挙標語「ニッポン ファイト!　未来を 支えるこの一票」が「新党日本」への応援と誤解されないために、投票啓発用のチラシ12万枚などが配布中止となる事態も発生した。
第44回衆議院議員総選挙（2005年）と国民新党との連携
第44回衆議院議員総選挙では東京・北関東・南関東・近畿・東海ブロックのみに比例候補を擁立し、当該比例ブロックでの自民系反郵政民営化票の受け皿となった。また国民新党とは比例ブロックで重ならないようにした（しかし、国民新党側に不満はあった）。総選挙では近畿ブロックで滝実が当選したのみで、所属する国会議員は滝と荒井の2人となったが総選挙において有効投票総数の2%以上の得票があったため、国会議員がいれば次回衆院選まで政党要件を満たすこととなった（長谷川憲正の国民新党への復党はこの理由による）。国会内では、国民新党と統一会派（院内会派）を組んだ。
総選挙後は、同じ立場にある国民新党と異なり、離党者が相次いだ。まず、2006年5月に党副代表・青山丘と宮本一三が離党し、国民新党へ移籍。また同年10月31日には、代表代行であった小林興起が離党し、11月1日に国民新党に入党した。
代表・田中康夫の長野県知事選挙落選
2006年8月には、長野県知事選挙で党代表であり現職知事であった田中が再任を目指して立候補。田中は2人の国会議員が所属する国政政党の党首であったが、新党日本が田中を公認候補としなかったため、報道では田中を無所属候補として扱われた。長野県知事選挙で田中は村井仁に敗れ落選した。報道では、党の存続を危惧する見方もあったが、今後も現体制で党活動を継続する方針を示した。
国民新党との決裂
2006年9月、参議院の首班指名選挙において、幹事長の荒井広幸が民主党・小沢一郎、国民新党・綿貫民輔のいずれにも投票せず、10年来の親友であった自民党総裁・安倍晋三に投票した（衆議院の首班指名選挙では新党日本議員の滝実が綿貫に投票している）。新党日本は田中が国会議員でないため自主投票としていたが、この行動に反自民を鮮明にしている国民新党側が反発し、荒井への厳正処分を要求した。田中が荒井を処分しない方針をとったため、10月2日に国民新党は新党日本との統一会派を解消すると発表した。
第21回参議院議員通常選挙（2007年）に向けての動きと党分裂
第21回参議院議員通常選挙には、田中康夫及び副代表に就任したジャーナリスト・有田芳生らを比例区から擁立したが、7月5日に荒井及び滝が選挙公約の憲法部分に関して「事前に党としての協議が一切ないまま発表されたものであり、受け入れられない」と主張し、田中に対して解党を要求した。田中はこれを拒否した。そのため荒井及び滝は離党し無所属で活動する方針を表明。このため、所属国会議員がゼロとなったが、前回総選挙において政党要件を満たしているためマスコミの討論会にも呼ばれるなど、国会議員が存在しないにも関わらず「主要政党」として扱われる珍しい事態となった。
民主党との統一会派結成
選挙後、民主党代表・小沢一郎が田中に対して参議院での統一会派結成を打診。田中がこれを受諾し、統一会派「民主党・新緑風会・日本」を結成した。同会派には10月23日より国民新党も加わり、2008年の第169通常国会より「民主党・新緑風会・国民新・日本」に名称を変更した。
第45回衆議院議員総選挙（2009年）
2008年8月、副代表・有田が第45回衆議院議員総選挙に東京9区から立候補することを明らかにしたが、同年9月、民主党からの選挙協力の申し入れを受け、「国民中心、生活中心の日本を作る」という大義のため、民主党の推薦を受け立候補する選挙区を東京11区に変更することを発表した。
。有田と同様、民主党の推薦を受けた。有田が比例東京ブロックで、田中が比例近畿ブロックで重複立候補するほか、北関東、南関東、北陸信越及び東海の各ブロックで比例単独1位を、東京及び近畿で比例単独2位を各1名の計6名擁立した。
。
なおこの選挙で国民新党も当時代表だった綿貫民輔が当選を果たせず、代わって亀井静香が代表に就任した。新党日本と国民新党は同じ比例ブロックに候補者を擁立するなど選挙協力が十分に行われていなかったが、亀井の代表就任で距離を縮めることとなった。
衆参両院での民主党との統一会派結成
、翌日有田が離党した。
衆議院での国民新党との統一会派再結成
2011年3月11日の東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）発生時には統一会派を組む国民新党と共同で「東北地方太平洋沖地震対策本部」を設置して震災対策にあたり。政府に対して災害対策の提言活動を行っている。また物資面の被災地支援も国民新党と協力して行っているほか党独自に募金活動を行った。震災後間もなく行われた第17回統一地方選挙は党の公認候補者を擁立しなかったが、一部候補者の推薦活動を行った。詳しくは下記を参照せよ。
田中は菅内閣の震災後の対応については批判したものの倒閣運動に対しては否定的な態度をとり、6月2日に否決された菅内閣への内閣不信任決議案には反対票を投じた。
新党日本は、財政再建のための増税は震災後苦境にある日本経済と国民生活に悪影響を与えるとして「増税なき震災復興」を統一会派を組む国民新党とともに唱えている。田中代表は民主党、自民党、みんなの党、国民新党の反増税路線を主張する議員らが8月31日に旗揚げした「東日本大震災の復興財源を手当てするための増税に反対する議員連盟」に参加した。菅直人の退陣後に新しく総理に就任する野田佳彦は、財政再建派・増税派の筆頭者とも目されているため、今後対立が予想される。

第44回総選挙||第44回総選挙||●1/8||style="text-align: right;"|480||
第45回総選挙||第45回総選挙||1/8||style="text-align: right;"|480
参議院
* 当選者に追加公認は含まず。追加公認には会派に加わった無所属を含む。
* 新党日本結党は衆議院解散後なので、形式的には結党時の所属衆議院議員は0。ここでは、解散時に議員で、結党に参加した人数を議席数とした。
* 追加公認は選挙直後の国会召集日の会派所属者数から判断した。
選挙||選挙||当選/候補者||定数||備考
（結党時）||（結党時）||1/-||style="text-align: right;"|242||style="text-align: right;"|-
第21回通常選挙||第21回通常選挙||1/3||style="text-align: right;"|242||style="text-align: right;"|-
議員一覧
衆議院
* 田中康夫（兵庫県第8区） 党代表
参議院
* 不在
地方議会
* 地方議員：0人（2009年12月31日現在）
** 都道府県議会：0人
** 市町村議会：0人
*ただし、推薦候補を含めれば、世田谷区長の保坂展人がいる。（党員ではない）
支部長一覧
* 田中康夫 東京都総支部長（党代表）
* 河野敏久 神奈川県第3支部長