1996年、第41回衆議院議員総選挙に自由民主党公認で奈良県第2区から出馬し、初当選を果たした。当選後は当時の総裁派閥である平成研究会（橋本派）に所属する。2000年の第42回衆議院議員総選挙で再選。
2001年、中央省庁再編により誕生した総務省で、初代総務大臣政務官を務める。なお、総務省はかつて滝が奉職していた自治省の流れを汲んでいる。同年4月、第1次小泉内閣発足に伴い退任するが、2002年に再度総務大臣政務官に就任。2003年の第43回衆議院議員総選挙では、奈良2区で民主党公認の中村哲治に敗れたが、重複立候補していた比例近畿ブロックで復活し3選。2004年9月、法務副大臣に就任した。
2005年7月、郵政国会で郵政民営化法案に反対するため、法務副大臣の辞表を提出した上で、5日の同法案の採決で反対票を投じた。そのため法務副大臣を罷免され、第44回衆議院議員総選挙では自民党の公認を得られなかった。総選挙に先立ち、田中康夫長野県知事を党首に結成された新党日本に入党し、副代表に就任する。第44回衆議院議員総選挙では、奈良県第1区から国替えしてきた自民党公認の高市早苗に敗れるが、重複立候補していた比例近畿ブロックで復活し4選。新党日本からは他に小林興起（東京都第10区）、青山丘（比例東海ブロック）が出馬したものの、当選者は滝1人に留まった。その後、自民党党紀委員会で除名処分が下る。同年10月、新党日本総務会長に就任。
総選挙後は国民新党、新党日本に無所属の野呂田芳成元防衛庁長官を加えた統一会派「国民新党・日本・無所属の会」に参加していたが、2006年9月の首班指名選挙において、新党日本幹事長の荒井広幸が国民新党の綿貫民輔代表ではなく、自由民主党総裁に選出されたばかりの安倍晋三に投票したため、国民新党側がこれを問題視し、田中康夫新党日本代表に荒井の処分を求めたものの田中が断ったため、統一会派を解消した。なお、滝は首班指名選挙で綿貫に投票している。
2007年の第21回参議院議員通常選挙の直前、田中の党運営や、田中による参院選における新党日本の公約の一方的な決定に反発し、滝、荒井広幸の2名が連名で新党日本の解党を田中に要求する。しかし、田中がこれを拒否したため、滝、荒井が共に新党日本を離党した。そのため参院選で田中が比例区から出馬して当選するまで、一時的に新党日本所属の国会議員の人数はゼロになった。一方、滝は参院選において、奈良県選挙区から出馬した民主党の中村哲治を支援し、中村は自民党候補に大差をつけて当選した。これにより第45回衆議院議員総選挙において、奈良県第2区での民主党の公認が内定した。
2009年7月21日、衆議院解散後に民主党に入党。奈良2区から同党公認で出馬し、前回敗れた自民党の高市早苗を僅差ながら破り、5選を果たした。所謂郵政造反組の中で、民主党に鞍替えしたのは川上義博に続き2人目。なお滝の後にも小林興起、津島恭一、松宮勲の3人が民主党に入党し、いずれも第45回衆議院議員総選挙で当選した。総選挙後、衆議院法務委員長に就任。
2010年4月、小沢一郎の検察審査会での起訴相当の議決を受けて設立された議員連盟「司法のあり方を検証・提言する議員連盟」の会長に就任した。
2011年9月5日、野田内閣で法務副大臣に就任。小泉内閣でも同職を務めており、6年振りの再登板となる。
人物
* 衆議院法務委員長在任中の2009年11月17日、法務委員会において、鳩山由紀夫首相の違法献金疑惑に関して千葉景子法務大臣に質問する際、鳩山を「脱税総理」と表現した自由民主党の棚橋泰文に対し、「決めつけるような表現は慎むように」と注意したが、棚橋は「7200万円の脱税を鳩山氏自身も認め、修正申告を行っている。脱税と言ってはいけないのなら、何という表現を使えばいいのか答えてもらいたい」「あなたは本当に公平中立な委員長なのか、鳩山総理の弁護人なのか、どちらですか」と反論し、滝に対して答弁を求めたが、滝は棚橋の反論には答えず「後刻理事会で協議する」という形式的な返答を繰り返したため、一時審議が中断。棚橋は引き続き「脱税総理」という表現を使用し続けた。
著作
* 単著
** 「阪神大震災の熱く長い一日」（日本法制学会、1995年） ISBN 4931147232
** 「ボランティア好きな人きらいな人」（日本法制学会、1998年） ISBN 4931147240
** 「一人ひとりを大切にする国家-危機管理の原点を求めて」（日本法制学会、2002年） ISBN 4931147275
* 共著
** （佐藤進・滝実）「地方消費税-その理論と仕組み-」（地方財務協会、1995年）
** （下地幹郎・新藤義孝・滝実・戸井田徹）「ひとり立ちしよう日本人-行動派新代議士日本を語る-」（日本法制学会、1999年）